在进入里斯本高等电影戏剧学院修读电影专业前,若昂·佩德罗·罗德里格斯曾经在里斯本大学修读生物学专业。
1988年,自编自导个人首部短片《OPastor》,从而进入演艺圈。1993年,在乔治·希尔瓦·梅洛执导的剧情电影《可怜的乔治》中担任副导演。1997年9月,由其担任编导的短片《生日快乐！》获得第54届威尼斯国际电影节特别提及。2000年,编导的剧情电影《幻影》在葡萄牙上映,该片是他的个人首部长片,影片入围了第57届威尼斯国际电影节主竞赛单元金狮奖最佳影片,并获得了第15届贝尔福Entrevues国际电影节评审团大奖最佳外语片,第13届纽约LGBTQ+电影节最佳剧情片。2005年,自编自导的剧情电影《在坟场中心呼唤爱》在葡萄牙上映,该片入围了第58届戛纳国际电影节导演双周单元,并获得第58届戛纳国际电影节法国电影研讨协会奖特别提及,随后,该片提名了第11届葡萄牙金球奖电影类最佳影片。2007年,执导的短片《中国,中国》入围了第24届华沙国际电影节最佳短片,并获得了第22届贝尔福Entrevues国际电影节评审团大奖最佳外语短片,观众选择奖最佳短片。2009年,由其担任编导的传记题材电影《像男人一样死去》在葡萄牙上映,该片入围了第62届戛纳国际电影节一种关注单元一种关注大奖最佳影片,并获得了第10届乡村之声影评人奖最佳未发行影片,第10届夹层酷儿电影节评审团大奖最佳影片,第1届葡萄牙作者奖电影类最佳影片。若昂·佩德罗·罗德里格斯2010年,《像男人一样死去》入选杂志《CahiersduCinéma》评选的“2010年度十佳影片”榜单,名列第7名；同年,哈佛电影资料馆为其举办作品回顾展。2011年,自编自导的剧情短片《红日初升》获得第8届里斯本国际独立电影节最佳葡萄牙短片,并入围了第9届哥本哈根国际纪录片电影节新视野奖；5月,担任第64届戛纳国际电影节短片暨电影基石奖单元评委。2012年5月,担任第65届戛纳国际电影节国际影评人周单元短片竞赛评审团主席；6月,编导的短片《圣安东尼节的早晨》在葡萄牙上映,该片提名了第25届欧洲电影奖最佳短片；8月,由其担任编导的剧情电影《我最后一次看见澳门》获得第65届洛迦诺国际电影节主竞赛单元特别提及,他凭借该片获得第2届葡萄牙电影索菲娅奖最佳原创剧本,并提名了第2届葡萄牙电影索菲娅奖最佳导演,最佳剪辑；11月,担任第53届塞萨洛尼基国际电影节国际竞赛单元评审团评委；同年,里斯本&埃什托里尔电影节向其致敬,并为其举办了作品回顾展。2013年,收到威尼斯国际电影节的邀请,与贾樟柯,阿彼察邦·韦拉斯哈古等人合作执导纪录片《威尼斯70周年：重启未来》,献礼威尼斯国际电影节成立70周年；5月,担任第66届戛纳国际电影节酷儿棕榈奖评审团主席,此外,他的作品《幻影》也登上了该届酷儿棕榈奖主视觉海报。2015年,自编自导的纪录短片《炮竹的幽灵》入围了第50届卡罗维发利国际电影节纪录片竞赛单元30分钟以下片长类最佳纪录片,第37届真实电影节国际短片竞赛单元最佳短片；同年,哈佛电影资料馆再度为其举办作品回顾展。2016年,执导由保罗·海密主演的剧情电影《鸟类学家》,该片入围了第69届洛迦诺国际电影节主竞赛单元金豹奖最佳影片,第64届圣塞巴斯蒂安国际电影节圣塞巴斯蒂安奖,他也凭借该片获得了第69届洛迦诺国际电影节最佳导演,第19届河流国际电影节最佳导演；11月,法国巴黎乔治·蓬皮杜国家艺术文化中心为其举办作品回顾展。2017年,自编自导的短片《此刻你站在哪里》提名了第6届葡萄牙电影索菲娅奖最佳纪录短片,并入围了第27届里约热内卢国际短片电影节国际竞赛单元最佳短片。2019年5月,受邀担任第48届基辅国际电影节阳光兔子奖评审团评委；11月,受邀担任第34届贝尔福Entrevues国际电影节国际竞赛单元评审团评委。2022年5月,自编自导的歌舞电影《消防站的王子》入围了第75届戛纳国际电影节导演双周单元,第12届酷儿棕榈奖最佳长片；8月,与朱奥·胡·格拉·达玛塔联袂执导的纪录片《此街在何处？或是无来处亦无去处》在瑞士洛迦诺电影节首映,该片随后获得了第40届都灵电影节国际纪录片竞赛单元评审团特别奖；10月,受邀担任第35届东京国际电影节主竞赛单元评审团评委。作品《幻影》登上第66届戛纳国际电影节酷儿棕榈奖主视觉海报
若昂·佩德罗·罗德里格斯是公开出柜的同性恋。
部分作品海报若昂·佩德罗·罗德里格斯令人印象深刻的一面就是他能够把连贯性赋予到几乎完全不相干的观念和想法上,其结果便是无时无刻,令人陶醉的感性美。由他执导的电影带有一种让观众身临其境的魅力,一定程度上这要归功于他有着敏锐的视觉感受力,可以用影像创造出一个充满不确定性的奇异世界。在影片《幻影》中,他用大胆的影像挑战了艺术电影中的资产阶级品味,并在怪奇的画面中加入了不虔诚的幽默感,使得主人公的行为产生了一种意想不到的联系。他通过饱和的色调和天方夜谭式的情境,赋予了影片《像男人一样死去》温暖轻松的氛围；并使用流畅的长镜头和充满活力的彩色滤镜,在该片中创造出一个充满可能性的奇异世界,使得影片有着一种令人难忘而又痛心的美丽。他在影片《鸟类学家》中探讨了自然与现实,宗教与肉体之间的关系以及它们之间的张力,用一种梦幻般的方式展现了脱离肉身,成为圣人的全过程,并最终传达出宗教并不是静止不变的观点。