导演吴琦20世纪80年代怀揣电影梦求学于北京电影学院摄影系纪录片专业。从业20余年,一直以纪录片和人文类电视节目为主要创作方向,同时,勤于读书思考,并以纪录片写作经验获得对剧情影片创作之深刻感悟,开始剧情电影创作。吴琦,毕业于北京电影学院摄影系纪录电影专业,拍摄过多部纪录片,策划拍摄了大型文献纪录影片《周恩来外交风云》曾囊括国内重要的纪录片奖项――金鸡,华表,大学生电影节等。《柳如是》是他的首部执导的电影作品。2013年法国戛纳电视节,一部名为《对照记：犹在镜中》的中国纪录片获得了世界的瞩目。这部讲述八十年前在中国上海的一家犹太摄影师照相馆故事的纪录片,2013年7月29日-31日在央视纪录频道正式开播。2020年6月,担任第十一届中国电影金扫帚奖评委。
1996年,《母与女——光阴的故事》口述史学纪录片。1998年,《周恩来外交风云》,任摄影。该片曾获当年金鸡,华表,大学生电影节的最佳纪录片奖项；1998年-1999年,大型纪录片《20世纪中国女性史》编导,总摄像。1999年-2001年,任系列纪录片《发现》执行制片人,参与制作《发现曾侯乙墓》,《流感百年》,《来自1910年的列车》等纪录片。2000年3月,大型现场特别节目《我们的一个世纪》总导演。2000年,CCTV-1纪念特区建设20年大型特别节目《历程》总导演2001年12月31日,CCTV-1新年特别节目《中国表情2001》总策划和总导演。2001年7月起,任CCTV-10《人物》栏目执行制片人,主编,导演。编导作品《费孝通》,《徐晓钟》,《王澍》,《赖声川》,《张爱玲》,《杨崇瑞》,《何平》,《施隆多夫》。2003年,纪念人类攀登珠峰50周年大型直播节目《2003,站在第三极》任前方导演及总摄像。2003年,大型历史人文系列节目《历史长河》总导演。2004年,大型历史人文系列节目《猜想祖先》总导演。2005年,以嘉宾主持人和策划身份推出《人物》周末版《封面人物》,曾采访徐克,凌峰,张帝,郭德刚,张元,刘小东,宁财神,李昌钰,余华,梁家辉,叶锦添等文化名人。2006年,任北京大学新闻传媒学院《纪录片创作》课程客座讲师。2007年,任文献纪录片《情归周恩来》制片人。2007年,大型奥运纪录片《筑梦2008》总撰稿。2008年,北京奥运会官方电影《永恒之火》总撰稿,制片人,导演。2008年,电视文献纪录片《百年历程》,环幕电影《大明孝陵》制片人2010年,万茜,秦汉主演的新文人电影《柳如是》编剧,导演。2010年,8集人文纪录片《百年青海》制片人,策划。2011年,西安世界园艺博览会官方纪录片《天人长安》总导演,制片人。2012年,人文纪录片《黄山》总制片人,总策划。2012年,人文纪录片《江右》总导演,总制片人。2012年,电影《解忧拼图》编剧。2013年,CCTV纪录频道纪录片《对照记·犹在镜中》导演,制片人,摄影。2013年,唐诗微电影《人面桃花》编剧,导演。