卓文萱在其著作《GENIE卓文萱1986の独立萱言》中写到,2005年,19岁的卓文萱与比自己相差大十四岁的吉他手杨声铮恋爱,后二人分手。2021年3月20日,卓文萱在接受某媒体专访时,承认自己与小6岁的男演员许少瑜的恋情,并坦言两人已经交往一年多,状态稳定。卓文萱可爱萱萱2010年卓文萱北京演唱会
2008年11月9日,担任雨天街头募款代言人,红心字会公益大使,为弱势儿童在街头募款；12月13日,参加由肯爱协会主办的“第三届拥抱爱：忘忧880用爱抱抱您”活动,并担任台北关怀忧郁症患者活动代言人,呼吁民众关怀忧郁症患者。2009年6月9日,担任《让爱转动整个宇宙》群星代言人,并录制了一首公益歌曲《让爱转动整个宇宙》来纪念并见证台湾人在台湾九·二一地震灾难过后坚强的生命力。2010年1月,卓文萱前往红心字会老人服务中心探视失智老人,并在庆生会现场,将专辑销售所得的六十万元捐款给弱势家庭；3月,与餐饮店连手做公益,为贫童筹募营养餐费。2012年11月20日,参加某品牌与台湾世界展望会合作举办的“用最浓的爱拥抱全世界”爱心募集成果记者会,并捐出10顶“Genie亲笔签名变身潮流帽”提供义卖,希望能透过爱心义卖,倡导并推动公益。2013年,赴越南举办“爱在越南甜心卓文萱,甜心演唱会”,为越南故乡人道孤儿院筹募社会资源,关怀当地弱势儿童。